된장과 미소, 청국장과 낫또, 두부와 토후 등 여러 콩관련 식품들이 일본과 겹치는 것은 일본이 우리와 마찬가지로 「대두문화권」에 속하기 때문이며 낫또와 청국장은 바실러스균이 작용하는 콩발효식품으로 숙성 기간이 짧다는 점이 비슷하다. 청국장은 삶은 콩을 자연 그대로의 상태에서 발효시키며, 찌개형태로 주로 끓여 먹는다. 낫또는 배양된 균을 삶은 콩에 접종하여 발효시켜 그 자체를 먹거나, 간장이나 달걀을 넣어 먹는 등 먹는 방법이 다양하다.

1905년 동경대학의 사와무라 박사는 낫또에서 「바실러스 낫또균」을 분리하는데 성공하였다. 이후 낫또는 자연상태에서 만들기 보다, 공장에서 배양된 균을 이용하는 방식이 널리 이용되고 있다.
낫또의 끈적끈적한 물질속에는「낫또키나제」라는 효소가 있다. 일본에서는 이 효소가 혈전용해능력이 있다고 발표되면서 낫또의 소비가 급증하기 시작했다고 한다.

생명공학연구소의 김승호 박사팀은 청국장의 혈전용해능력이 낫또에 비해 3∼4배 이상, 전통된장은 무려 10배 정도나 높다고 하였다. 호서대학교 생명공학부 김한복 교수팀은 항산화물질로 알려져 있는「갈변(葛變)물질」이 청국장에서는 8배 이상, 간장에서는 2배 이상 증가하였다는 보고도 있었다. 발효된 청국장과 간장에는, 삶은 콩에는 없었던 고분자핵산이 존재한다는 사실도 확인되었다